Pater Bernd Werle stammt aus Rohrbach (Kreis Birkenfeld). Er legte 1974 sein Abitur an der Missionsschule Sankt Wendel im Saarland ab. Er trat anschließend der Ordensgemeinschaft der Steyler Missionare bei und legte 1980 seine ewigen Gelübde ab. Nach dem Studium der Theologie empfing er am 15. Februar 1981 in der Kirche des Missionspriesterseminars St. Augustin die Priesterweihe. 1982 absolvierte er ein Lizentiat in Missionstheologie. Von 1983 bis 1992 war er als Missionar in Togo tätig, anschließend von 1994 bis 2004 als Kaplan in der Kirchengemeinde Sankt Mariä Heimsuchung in Sankt Augustin-Mülldorf. 2001 wurde er in Moraltheologe mit der Arbeit über die Ethik im Kontext von Kultur an der Universität Bonn promoviert und lehrte als Dozent für Moraltheologie. Er war bis 2007 Prorektor der Philosophisch-Theologischen Hochschule SVD St. Augustin. Am 7. Februar 2014 übernahm er das dortige Rektorat und unterrichtete als Professor Moraltheologie.

Seit 2004 leitete er die Norddeutsche Provinz der Steyler Missionare und wurde nach Vereinigung der beiden deutschen Provinzen zum 1. Mai 2007 zum Provinzial der gemeinsamen Deutschen Provinz gewählt. 2009 erfolgte die Wiederwahl bis 2013. Von 2018 bis 2025 war er Pfarrvikar im Seelsorgebereich Sankt Augustin mit Wohnsitz in Mülldorf.